細胞污染是細胞生物學(xué)實驗室中常見的情形。細胞污染通常分為微生物污染和真核生物污染。微生物污染指的是真菌、細菌、支原體等的污染。微生物污染容易辨識，可通過肉眼和利用顯微鏡觀察培養(yǎng)基的顏色變化進行判斷。細菌污染通常使培養(yǎng)基變黃，且顯微鏡下有小黑點，酵母污染的培養(yǎng)基變紫色，顯微鏡下可見透明成串的圓形斑。但支原體污染較難看出，因為支原體的生長較慢，因此很容易被忽略。真核生物污染是由于實驗員操作不當(dāng)發(fā)生的細胞系之間的交叉污染。為避免細胞污染造成深遠的影響，細胞鑒定萬不可少。

細胞系的鑒定主要圍繞四個方面進行：

1、種系來源：常用技術(shù)包括STR分型，限制片段長度多態(tài)性（AFLP），染色體組分析，同工酶分析，人淋巴細胞抗原（HLA）分型。STR分型是重要的種系來源判斷手段。STR位點，又被稱為微衛(wèi)星，是3-7 bp的短串聯(lián)重復(fù)序列，具有高度多態(tài)性，被稱為細胞的DNA圖譜指紋，因此可以進行STR分型，通過與專業(yè)數(shù)據(jù)庫比對，判斷樣本所屬細胞系。

2、組織來源：常用技術(shù)包括形態(tài)學(xué)手段、免疫組化分析。形態(tài)學(xué)手段是利用不同組織可能具有特殊的形態(tài)學(xué)結(jié)構(gòu)判斷組織來源。免疫組化是利用標(biāo)記的抗體定位組織特異性抗原來確定細胞的組織來源。

3、特異性功能檢測：根據(jù)細胞種類和功能，采用特異性指標(biāo)鑒定細胞。比如，腺細胞產(chǎn)生分泌蛋白或者激素。腫瘤細胞需要具備腫瘤組織的特性。

4、是否發(fā)生轉(zhuǎn)化和惡變：常用技術(shù)包括核型分析、細胞生長行為觀察（是否接觸抑制）、裸鼠成瘤實驗等。核型分析包括對染色體數(shù)目、形態(tài)、組成的研究，常用到染色體染色技術(shù)。核型分析可揭示染色體是否發(fā)生畸變、細胞功能、進化活動和分裂關(guān)系。長期傳代可能會造成染色體畸變，因此需要定期檢查染色體核型。正常細胞在培養(yǎng)過程中可能會轉(zhuǎn)化，獲得永生性或者惡型性。因此需要鑒定來區(qū)分正常細胞或者腫瘤細胞。

腫瘤細胞鑒定

對于腫瘤細胞，需要鑒定其是否保留腫瘤組織的特性，因此需要進行一些鑒定步驟，包括集落形成實驗、成瘤性檢測和正常組織侵襲實驗等。

a. 細胞集落形成實驗：癌細胞株對培養(yǎng)條件的適應(yīng)性較強、獨立生存能力也較強，細胞集落率更高。因此可以通過測定細胞集落形成率，判斷細胞的生長能力，從而判定是否為無限細胞系。

b. 成瘤性檢測：將腫瘤細胞注射進入裸鼠體內(nèi)，檢測是否能在裸鼠體內(nèi)形成腫瘤。

c. 正常組織侵襲實驗：該實驗是檢測腫瘤細胞是否對正常組織具有侵襲和轉(zhuǎn)移的能力。

d. 其他：其他還包括對于密度依賴生長特性改變（接觸抑制）、分子水平特征的鑒定。接觸抑制是判定腫瘤和正常細胞的重要依據(jù)。

干細胞鑒定

干細胞的重點是檢測細胞的多能性。常規(guī)鑒定方法包括核型分析、擬胚體（EB）形成分析、三胚層分化檢測、堿性磷酸酶染色、多能性標(biāo)志物檢測和畸胎瘤檢測等。

a. EB分化檢測：EBs是人誘導(dǎo)多能干細胞的三維聚集物，即是干細胞多能性的標(biāo)志。EB分化檢測的流程是：將EB接種于含血清的培養(yǎng)基中自發(fā)分化，然后利用流式檢測三胚層表面標(biāo)志物，判定多能性。

b. 三胚層分化檢測：分別將胚胎干細胞或者誘導(dǎo)多能干細胞向三胚層分化培養(yǎng)，分別檢測特定胚層的標(biāo)志物，從而判斷其多能性。

c. 堿性磷酸酶（Ap）染色：未分化的干細胞會高水平表達Ap。通過對固定的干細胞染色，分化的細胞無色，未分化的細胞呈現(xiàn)紫色或者紅色。Ap染色是一種低成本、簡單快速的方法。

d. 多能性標(biāo)志物檢測：未分化狀態(tài)的ES和iPS能表達特定的表面標(biāo)志物，包括TRA-1-81、TRA-1-60、SSEA-3、SSEA-4、Nanog、SOX2、Oct4等。

e. 畸胎瘤檢測：將一定數(shù)量的干細胞注射進入免疫缺陷小鼠體內(nèi)， 4-12周后，多能干細胞能生成畸胎瘤。畸胎瘤包含了三個胚層的組織，可通過組織學(xué)手段檢測。但是該方法耗時費力，費用大。